Para el 21 de junio de 1823, la Diputación Provincial hizo público el Plan de Gobierno Provisional que convertía a la provincia de Guadalajara en el estado libre de Xalisco, con lo cual se alcanzaba, antes que en cualquier otro lugar de México, la calidad política que habría de quedar después establecida en la nueva constitución para todas las provincias mexicanas. Sin embargo, el desplante complicó aún más las relaciones de Guadalajara con el poder central que comisionó a Nicolás Bravo y a Pedro Celestino Negrete para someter a Jalisco por la fuerza. Éstos empero prefirieron negociar los llamados Convenios de Lagos, firmados en agosto de 1823, que comprometían a Jalisco a obedecer las órdenes emanadas del Supremo Poder y del Congreso Nacional, a cambio de que se respetase su condición federalista, por cierto ya emulada por otras provincias.
Para debilitar a Jalisco, el gobierno central promovió que se le segregara el partido de Colima, con lo cual se perdió no sólo una considerable extensión de su territorio, sino todo el litoral donde se ubica el puerto de Manzanillo, que ya daba entonces muestras de alcanzar gran importancia. La misma táctica quiso aplicarse en Zapotlán el Grande, pero aquí la adhesión de sus habitantes se mantuvo firme, máxime que Guadalajara movió rápidamente sus tropas en esa dirección.
Mientras tanto, el 7 de noviembre de 1823 quedó instalado formalmente en México el nuevo Congreso Nacional y, después de acalorados debates, el 31 de enero de 1824, se aprobó el Acta Constitutiva Federal, que fue jurada en el estado el 7 de febrero siguiente.
Como Quintanar no era bien visto por el Supremo Gobierno y en particular por el ministro de guerra, Manuel Mier y Terán —quien lo acusaba entre otras cosas de iturbidista—, se emprendió en junio de 1824 una nueva campaña contra Jalisco, que finalizó con la captura de Quintanar y su deportación a Acapulco. El 24 de enero de 1825 quedó instalada la I Legislatura del Estado y asumieron el poder constitucional Prisciliano Sánchez y Juan N. Cumplido, como gobernador y vicegobernador; respectivamente. Pero los tropiezos no se hicieron esperar. Uno de los primeros fue ocasionado por los peninsulares que persistieron en seguir aferrados a los usos coloniales, ganándose mayor animadversión de los liberales en el gobierno, quienes vieron en los "gachupines" un peligro creciente para el país, máxime que España se negaba a reconocer la independencia de México. El 3 de septiembre de 1827 se expidió una ley que expulsaba a los españoles; no obstante, ésta no surtió el efecto deseado, pues muchos encontraron la forma de no salir.
La muerte súbita del gobernador Sánchez, el 30 de diciembre de 1826, hizo que Juan N. Cumplido asumiera la gubernatura, cargo que ocuparía en otras seis ocasiones, siempre en calidad de interino. José Ignacio Cañedo sucedió a Cumplido en 1829, pero al poco tiempo tuvo que abandonar el cargo por causa de la inconformidad originada por las severas medidas económicas que adoptó. Al mediar 1830 reasumió el puesto de manera efímera, y para ocuparlo año y medio a partir de febrero de 1831. Por cierto que durante diciembre de este año hubo de trasladarse la capital a Lagos, a causa de que el comandante militar Ignacio Inclán, enviado de México para combatir a Gordiano Guzmán y demás partidarios de Vicente Guerrero, había convertido a Guadalajara en un verdadero cuartel. Antes de que el año concluyera Inclán fue sustituido y el gobierno pudo volver.
Finalmente, en agosto de 1832 Cañedo renunció y el vicegobernador Ignacio Herrera terminó el periodo, siendo sucedido por Pedro Tamez en marzo siguiente.
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La primera republica federal de México fue la que se creó después del imperio de Agustín de Iturbide en el año 1823, el primer presidente de esa republica fue Guadalupe Victoria (Miguel Fernández Félix), aunque su mandato fue corto (alrededor de un año), después de él hubo una gran inestabilidad política en México por la constante lucha entre liberales y conservadores (liberales a favor del gobierno federalista y los conservadores del centralista).
